Такая отметка выводится в результатах поиска, когда при сканировании сайта, поисковый робот Яндекса находит вирусный код, который скачивает и запускает вирус на компьютере без согласия пользователя. Когда же вирус маскируется методами социальной инженерии, Яндекс не добавит такой отметки. Например, посетителю сайта выдатётся сообщение с предложением установить обновление броузера, или удалить найденные вирусы с компьютера, и так далее... Если пользователь дал согласие, на его компьютер загружается и устанавливается троян. Так как в такой ситуации вирус в компьютер пользователя устанавливается как бы с его согласия, отметка "Этот сайт может угрожать безопасности вашего компьютера" под ссылкой на сайт в результатах поиска не добавляется.
Убрать такую пометку можно только удалив вирусы с сайта и отправив уведомление об этом поисковой системе Яндекс. При заказе услуги "очистка сайта от вирусов" такое уведомление входит в стоимость работы.